Вопрос о группировке башен Покровского собора связан с проблемой рациональных эстетических закономерностей, некоторое развитие которых наблюдается в русском зодчестве 1450-1600 годов. Барма и Посник получили заказ сгруппировать семь башен вокруг центральной восьмой, как это было в деревянном предшественнике Покровского собора, построенном тотчас после взятия Казани. Источники говорят нам, что мастера построили храм не о восьми престолах, «не якоже повелено было (царем), но яко по бозе разум даровася им в размерении основания», т.е. храм о девяти престолах.
Этот факт свидетельствует о том, что прибавление лишней башни, против заказанного, было вызвано основанным на разумном начале принципом симметрического распределения башен, т.е. рациональным эстетическим законом, художественным принципом, основанным на разуме. Требование, исходившее из церковного источника - поставить семь приделов-башен вокруг центрального массива главного храма, - было отвергнуто ради разумной симметрии. Этот факт, засвидетельствованный историческим источником, имеет очень большое значение. Он говорит о том, что в середине XVI века элементы рационализма в мировоззрении русских и проявление эстетического вкуса в их искусстве были настолько сильны, что в таком центральном памятнике всей тогдашней Руси, каким был Покровский собор, им могли быть принесены в жертву даже требования, предъявляемые церковью.
Подтверждением этого является свидетельство самих архитектурных форм Покровского собора, говорящих о том, что религиозная основа его архитектуры имеет в противоположность таковой же в русских храмах X-XV веков до некоторой степени нецерковный характер. Церковь-памятник (Коломенское, Дьяково, Покровский собор) отличается от традиционного крестово-купольного храма тем, что в ней религиозное чувство имеет гораздо более личный характер и находит себе более непосредственное выражение в архитектурных формах, в этих возносящихся вверх башнях.
Связь архитектурных форм Покровского собора с деревянным зодчеством, доказанная И. Е. Забелиным, подтвержденная летописным текстом о построении церкви в Коломенском «вверх на деревянное дело», выражается в заимствовании мастерами Покровского собора из деревянного зодчества восьмигранной формы башен, шатра и открытых наружных галерей. Возникает вопрос: существовали ли до 1555 года в русской деревянной архитектуре симметричные пятиглавые группы церквей двух вариантов, с четырьмя малыми башнями, поставленными диагонально, и с четырьмя малыми башнями, поставленными по странам света? Совмещение их в одной ком позиции, как можно предполагать, произошло впервые в Покровском соборе.
Среди сохранившихся русских деревянных церквей композиционная схема церкви в Дьякове известна только в церкви в Неноксе XVIII века и отчасти в относящемся к тому же столетию соборе в Кеми. Церковное здание, изображенное на иконе из села Кривого («Введение во храм» первой половины XIV века), может быть истолковано только как условное воспроизведение многобашенного деревянного храма, средняя башня которого представляла собой восьмерик на четверике; причем все три изображенные башни крыты шатрами с луковичными главками. Тот факт, что алтарная часть изображенной на иконе церкви крыта шатром, говорит о расположении трех башен по оси запад-восток или пяти башен по странам света. Все же, даже учитывая большую условность иконного изображения XIV века, можно предположить, что представлена пятибашенная схема типа церкви в Дьякове.
Вероятность существования в первой половине XVI века в русском культовом зодчестве пятибашенных групп деревянных церквей не исключена. Эту возможность отрицает как будто отсутствие подобных деревянных церквей в XVII веке. Церковь в Неноксе характерна для XVIII века, и нельзя с полной уверенностью утверждать, что группировка ее башен восходит к XVII веку. За древность этой группировки говорит, правда, очень веское свидетельство иконы XIV века. Однако против заимствования мастерами Дьяковской церкви и Покровского собора правильной пятичастной схемы расстановки башен из деревянного зодчества свидетельствует то обстоятельство, что расстановка семи деревянных башен предшественника Покровского собора могла быть только нерегулярной, как показывает само число его башен (семь вокруг восьмой - средней).
Возможно, что система расстановки башен Дьяковской церкви и Покровского собора была навеяна произведениями итальянского Ренессанса, которые могли быть известны их мастерам по рукописям и печатным теоретическим архитектурным трактатам, привезенным в Москву итальянскими зодчими. Так, например, в трактате Филарете, в котором упоминается Аристотель Фиораванти, имеется план и наружный вид пятибашенной церкви миланского госпиталя, в котором, как в Дьяковской церкви, четыре диагональные башни симметрично окружают среднюю башню. Источником этой композиции у Филарете является Сан-Лоренцо в Милане - византийская купольная церковь IV века, к которой в романское время (1071) были прибавлены на углах четыре башни. Композицию церкви миланского госпиталя развивает в своих систематических набросках купольных церквей также и Леонардо да Винчи. К Сан-Лоренцо в Милане, отчасти непосредственно, отчасти через посредство трактата Филарете и в результате личного общения с Леонардо, восходит также и проект собора св. Петра Браманте (1506) с четырьмя башнями на углах. Весь этот материал мог быть известен русским архитекторам через посредство итальянских зодчих, приезжавших в Москву в первой половине XVI века. Развитие русского рационализма и основанной на эстетических законах русской архитектурной формы в первой половине XVI века были теми внутренними причинами, которые сделали возможным понимание русскими мастерами симметричной, но свободной и широкой пятибашенной композиции, выработанной в зодчестве итальянского Возрождения во второй половине XV века и в начале XVI века, а также ее освоение.
Все же рациональные эстетические композиционные принципы не являются ведущими в архитектуре Покровского собора. Они растворяются в сочной и насыщенной жизненной энергией фантастике его масс. Над формальными закономерностями довлеют в Покровском соборе связанные с архитектурными формами ассоциации и идеи. Его архитектурные формы представляют собой не только прекрасные и гармонические сочетания геометрических фигур и линий, но и знаки, отражающие фантастические образы, а также выражающие мысли, взгляды, чувства и желания людей того времени.