Станция «Университет» строилась в сложных гидрогеологических условиях. По первоначальному проекту предполагалось вести ее сооружение открытым способом. Предстояло разработать около 1 млн. м3 грунта. При этом пострадала бы большая благоустроенная территория — дороги, зеленые насаждения, подземные коммуникации.
Коллектив инженеров и рабочих СМУ-5 Метростроя высказался за закрытый, подземный способ работ с креплением чугунными тюбингами. Институт Метрогипротранс подготовил проект закрытого способа с применением щитовой проходки. Строители СМУ-5 отказались от щитовой проходки и применили горный способ с монтажом тюбингов эректором. Одновременно впереди тоннеля станционного забоя сооружался опережающий его на 14—15 м пилот-тоннель диаметром 6 м. Это дало возможность значительно уменьшить объем работ и упростить подготовительные и горные работы по сооружению камер, а также разрезке первых колец.
При раскрытии и проходке среднего станционного тоннеля для уменьшения горного давления, которое возникает из-за обнажения неустойчивых горных пород на значительной площади, было принято и выполнено такое техническое решение: вместо предусмотренного проектом сближения осей крайних станционных тоннелей расстояние между ними было увеличено на 3 м по сравнению с этим расстоянием для типовой трехсводчатой станции, благодаря чему между контурами бокового и среднего тоннелей сохранялся нетронутым целик породы. Это способствовало поддержанию стабильности горного давления и облегчало работы по сооружению станционных проемов.
После сооружения ствола и подходных выработок началась проходка крайних станционных тоннелей. В правом тоннеле была произведена разрезка под первые два прорезных кольца пилот-тоннеля. В местах разрезки установили усиленное крепление подходной штольни. Удлиненная фурнель была пройдена в две фазы, по 1,4 м каждая, на высоту до проектной отметки кольца. Вначале сооружалась калотта с расширением в дальнейшем выработки на полный профиль тоннеля с тщательным креплением.
Первые два кольца были собраны с помощью двух редукторных лебедок. Свободное пространство между внешней поверхностью тюбингов и грунтом выработки заполнили бетоном марки М100. Тюбинги в прорезные кольца станционного тоннеля монтировали с помощью редукторной лебедки.
Грунт при проходке станционного тоннеля разрабатывался в три фазы. На первой фазе в верхней части забоя над пилот-тоннелем произвели вертикальную рассечку по оси тоннеля, куда завели две лонгарины. Калотта первого яруса разрабатывалась от рассечки в обе стороны, с креплением лонгаринами и штендерами и сплошной затяжкой кровли и лба забоя. После разработки первого яруса до уровня по высоте калотты 1,65 м туда завели телескопическую трубу диаметром 250 мм.
На втором этапе произвели рассечку во втором ярусе, закрепили ранее установленную телескопическую трубу первого яруса и установили телескопическую трубу во втором ярусе. Концы труб раскреплялись рошпанами. В остальном разработка и крепление выполнялись аналогично первой фазе.
В последней фазе разрабатывалась оставшаяся часть забоя на полный профиль и монтировались тюбинговые кольца.
Особенностью организации работ на станции стало использование передвижного металлического бункера с питателями. Через него улавливался и поступал в вагоны почти весь разработанный грунт. Лишь из лотковой части забоя грунт (в объеме 7—8 м3) разрабатывался и грузился в вагоны вручную. Погрузка грунта из забоя пилот-тоннеля осуществлялась погрузочной машиной ПМЛ-5.
После сооружения и закрепления стяжками 20 колец крайних тоннелей приступили к разработке среднего станционного тоннеля. Разработка грунта и крепление тюбингами в нем выполнялись в том же порядке, что и при сооружении крайних тоннелей. Отставание забоя среднего тоннеля от забоев крайних тоннелей поддерживалось на расстоянии 15—20 колец. Нагнетание производилось непрерывно вслед за проходкой. Раскрытие проемов выполнялось в шахматном порядке — через один.
Техническое решение по сооружению станции «Университет» закрытым способом с проходкой опережающего пилот-тоннеля в условиях неустойчивых грунтов и повышенного горного давления вполне себя оправдало. Основные конструкции станции, включая проемы, были закончены менее чем за год. Государственная комиссия приняла станцию в эксплуатацию с оценкой «отлично». Эта оценка выдержала испытание временем.